こんにちわ。kimonoです
内容だけお聞きしますと、よくあるガンブラーなどの被害や、以前のZen Cartの脆弱性とは様子が全く違いますね。
config関係のデーターベースだけが文字化けということは、例えば、お使いのサーバー会社のデーターベースが今まで4.0系で文字コードの指定がなかったのが、4.1以降や、5.0系にバージョンアップなどして、文字コードの指定が必要になったにも関わらず文字コードの指定をしてないために、文字化けしている状況と似ていると思います。
まずはデーターベースを確認してみては如何でしょうか? 文字コードはどうなっておりますでしょうか? ちなみにzen-cart-v1.3.0.2-l10n-jp-5であれば、文字コードはujis_japanese_ciになります。